16. stíhací přepadová peruť byla původně vytvořena za druhé světové války 20. listopadu 1940 jako 16. stíhací peruť (přepadová). Aktivována byla 15. ledna 1941 na Hamilton Field v Kalifornii a přidělena k 51. stíhací skupině. V této sestavě – společně s 25. a 26. perutí – zůstala po celou druhou světovou i korejskou válku.

Po aktivaci byla vybavena P-40 a během bojového výcviku současně chránila západní pobřeží USA. 51. skupina tehdy podléhala 4. letecké armádě. Dne 10. června 1941 se peruť přesunula na March Field v Kalifornii a zůstala tam do 11. ledna 1942.

V polovině ledna 1942 odjela na čínsko-barmsko-indické bojiště. Po zastávkách v Austrálii a na Cejlonu dorazila 12. března do Karáčí v Indii a byla zařazena k 10. letecké armádě. Dne 15. května 1942 byla přeznačena na 16. stíhací peruť 51. stíhací skupiny.

V přípravě na boj se 27. června 1942 přesunula do Kunmingu v Číně a krátce nato byla dočasně přidělena k 23. stíhací skupině. Bojovou činnost zahájila v červenci obranou indického konce letecké zásobovací trasy přes Himálaj, známé jako „The Hump“, a letišť v oblasti. Kromě Kunmingu operovala z řady dalších čínských letišť, včetně Linglingu, Chungkingu, Kweilinu, Chenyi, Yunnani a Hengyangu.

Vedle obranných úkolů létala také ostřelovací, bombardovací, průzkumné a hlídkové mise na podporu spojeneckých pozemních vojsk během japonské ofenzivy v severní Barmě roku 1943. V říjnu 1943 se vrátila k 51. skupině a byla zařazena ke 14. letecké armádě; současně se přesunula do Chengkungu v jihovýchodní Číně.

Odtud chránila východní, čínský konec trasy přes „The Hump“, letiště v oblasti Kunmingu, napadala japonskou lodní dopravu v deltě Rudé řeky v Indočíně a podporovala čínská pozemní vojska při postupu podél řeky Salween. V roce 1944 byla přezbrojena na P-51.

Po japonské kapitulaci se v září 1945 přesunula do Lopingu v Číně a zůstala tam do listopadu. Poté odplula do USA, začátkem prosince dorazila do Camp Kilmer v New Jersey a 7. prosince byla deaktivována.

Dne 15. října 1946 byla znovu aktivována na Yontanu na Okinawě a vybavena P-47. Kromě výcviku působila jako součást okupačních sil v Japonsku a zajišťovala protivzdušnou obranu souostroví Rjúkjú. V roce 1947 P-47 nahradily proudové P-80, od roku 1948 označované F-80, které zůstaly hlavní výzbrojí do konce roku 1951. Dne 1. února 1950 byla přeznačena na 16. stíhací přepadovou peruť (FIS) 51. stíhací přepadové skupiny.

Když 25. června 1950 začala korejská válka, sídlila 16. FIS na Naze na Okinawě. V záloze zůstala do 6. září, kdy byla spolu s 25. FIS uvedena do pohotovosti pro nasazení v Koreji. Dne 22. září se letecké sledy obou perutí přesunuly na Itazuke v Japonsku a ještě téhož dne uskutečnila 51. skupina své první bojové vzlety války.

Po znovudobytí Soulu koncem září se 16. FIS 22. října přesunula na Kimpo. Odtud létala stíhací-bombardovací mise do začátku ledna 1951. Vstup Číny do války a ústup sil OSN od Pchjongjangu přiměly velitelství 51. skupiny 10. prosince ustoupit ze Soulu na Itazuke. 16. FIS zůstala na Kimpu do 3. ledna 1951, kdy byla spolu s 25. FIS rovněž evakuována.

Od ledna do poloviny května 1951 operovala z Itazuke a poté z Tsuiki. Používání nových koncových nádrží o objemu 255 galonů činilo provoz z krátké dráhy v Tsuiki nebezpečným, a proto byly 18. května letecké operace přesunuty na Suwon v Koreji. Delší dráha umožnila snížit množství paliva neseného F-80. Suwon zůstal domovskou základnou perutě po zbytek války.

Poslední F-80 ztratila 16. FIS 10. listopadu 1951 při havárii během přistání za špatného počasí na Suwonu. O devět dní později uskutečnila 51. skupina poslední bojové mise na sedmnácti F-80. Letouny byly poté odeslány k opravám nebo předány 8. stíhací-bombardovací skupině. K ní přešli i piloti 51. skupiny s nejmenším náletem na F-80, zatímco ostatní zahájili přechod na F-86.

S F-86 obnovila 16. FIS bojovou činnost 1. prosince 1951. 51. stíhacímu přepadovému křídlu tehdy velel plukovník Francis Gabreski, nejúspěšnější americké eso na P-47 za druhé světové války s 28 vítězstvími, který se stal esem znovu i v Koreji. Po zbytek války peruť podporovala pozemní síly OSN hlídkovými, doprovodnými, přerušovacími a průzkumnými misemi.

Mezi její piloty patřil Buzz Aldrin, později známý jako druhý člověk, který 20. července 1969 vstoupil na Měsíc. K 16. FIS nastoupil v prosinci 1952 a první MiG-15 sestřelil 14. května 1953. Druhého a posledního vítězství války, opět nad MiGem-15, dosáhl 4. června při útoku na leteckou základnu v Severní Koreji. Za službu v Koreji obdržel dva Distinguished Flying Crosses a tři Air Medals.

Za činnost v korejské válce obdržela 16. FIS Distinguished Unit Citation za období 28. listopadu 1951 až 30. dubna 1952 a dvakrát Presidential Unit Citation Korejské republiky: za období 22. září 1950 až 30. června 1951 a 1. července 1951 až 31. března 1953.

Po skončení války 27. července 1953 zůstala na Suwonu, kde cvičila vzdušné souboje a pravidelně doprovázela průzkumné RB-45 podél korejského pobřeží. Přestože byly F-86 bojově vyzbrojené, nesměly vstupovat do severokorejského ani čínského vzdušného prostoru. V červenci 1954 peruť Suwon opustila a přesunula se na Misawu v Japonsku, kde převzala úkol protivzdušné obrany. Následující měsíc se vrátila na Nahu a začala létat mise za každého počasí.
