39. stíhací přepadová peruť byla původně vytvořena za druhé světové války 22. prosince 1939 jako 39. stíhací peruť (přepadová). Aktivována byla 1. února 1940 na Selfridge Field v Michiganu a společně se 40. a 41. stíhací perutí přidělena k 31. stíhací skupině. Po vytvoření cvičila na P-35 a pravděpodobně také P-36 až do 6. prosince 1941, kdy se přesunula na Baer Field v Indianě a zahájila výcvik na P-39.

Po japonském útoku na Pearl Harbor 7. prosince 1941 byla 39. peruť 10. prosince narychlo přesunuta do Bellinghamu ve Washingtonu. Odtud létala protiponorkové hlídky podél pacifického pobřeží do poloviny ledna 1942. Dne 15. ledna byla přeřazena k 35. stíhací skupině v rámci příprav na nasazení v Austrálii. U této formace zůstala po zbytek druhé světové války i během korejské války.

Dne 25. února 1942 dorazila do Brisbane v Austrálii. Dne 16. dubna byl oficiálně schválen znak perutě: modrý kruh se zlatým okrajem a hlavou kobry v oblacích. O měsíc později, stále během výcviku v Austrálii, byla 15. května 1942 přeznačena na 39. stíhací peruť 35. stíhací skupiny.

Dne 2. června 1942 se přesunula na 7 Mile Drome u Port Moresby na Nové Guineji a zahájila bojové mise se smíšenou výzbrojí P-39 a P-400. Až do konce října 1944 létala z několika letišť na Nové Guineji. Pomáhala zastavit japonský postup na Papui a účastnila se spojenecké ofenzivy za znovudobytí zbytku Nové Guineje. Létala obranné hlídky nad Port Moresby, doprovázela bombardéry a transportní letouny, útočila na japonská letiště a zásobovací trasy a kryla spojenecká vylodění.

Koncem července 1942 se 39. FS vrátila do Austrálie a zahájila přeškolení na P-38. K Port Moresby se vrátila 18. října. Za bojovou činnost nad Papuou od 23. července 1942 do 23. ledna 1943 obdržela první Distinguished Unit Citation.

Ve dnech 2.–4. března 1943 se účastnila bitvy v Bismarckově moři, při níž ztratila nejméně tři P-38 a tři nezvěstné piloty. Za svou činnost v této bitvě obdržela druhou Distinguished Unit Citation. Koncem roku byla přezbrojena na P-47 a přesunuta do Nadzabu na Nové Guineji.

Od roku 1944 začala létat dálkové mise proti nepřátelským letištím a zařízením na jižních Filipínách, Halmaheře a Borneu v rámci příprav na americkou invazi na Filipíny. Dne 23. října se přesunula na Morotai v Molukách a 22. ledna 1945 na filipínský ostrov Luzon.

Od ledna 1945 podporovala pozemní síly na Luzonu, doprovázela bombardéry a podnikala některé stíhací přepady nad Formosou a Čínou. Přibližně 10. dubna se se smíšenou výzbrojí P-47 a P-51 přesunula do Lingayenu na Luzonu. Po přesunu na Okinawu koncem června 1945 bombardovala a ostřelovala železnice na japonském ostrově Kjúšú a na Korejském poloostrově.

Po japonské kapitulaci v srpnu 1945 se v říjnu přesunula do Irumagawy poblíž Tokia. Jako součást Far East Air Forces cvičila, účastnila se manévrů a létala průzkumné hlídky nad ostrovem Honšú na P-51, od roku 1948 označovaných F-51. Dne 20. ledna 1950 byla přeznačena na 39. stíhací přepadovou peruť 35. stíhací přepadové skupiny. Na jaře pak vyměnila F-51 za F-80.

Na začátku korejské války 25. června 1950 sídlila 39. FIS na Yokota Air Base u Tokia. Společně se 41. FIS byla okamžitě uvedena do pohotovosti. Dne 8. července se přesunula na Ashiya Air Base na ostrově Kjúšú a následujícího dne vstoupila do války patnácti bojovými vzlety nad Osanem, při nichž ostřelovala skupinu železničních vozů.

Kvůli kritické potřebě stíhacích bombardérů nad bojištěm a absenci vhodných letišť pro proudové stíhačky na Korejském poloostrově předala 39. FIS dne 3. srpna 1950 své F-80 41. FIS. Na oplátku obdržela F-51 ze skladu na Johnson Air Base v Japonsku. O dva dny později obnovila bojové operace a 7. srpna se přesunula do Pohangu v Jižní Koreji.

Protože se Pohang dostal pod nepřátelskou dělostřeleckou palbu, musela se 14. srpna 1950 přesunout na Tsuiki v Japonsku. Do Pohangu se vrátila až 7. října. Během tohoto období podporovala pozemní síly OSN, bombardovala a ostřelovala nepřátelské zásobovací trasy, soustředění vojsk a komunikační uzly. Dne 17. listopadu se přesunula na severokorejské letiště Yonpo.

Po neúspěších sil OSN po vstupu Číny do války byla 4. prosince 1950 nucena ustoupit na Pusan Air Base v Jižní Koreji. Posledního únorového dne 1951 byl pětičlenný roj pod velením velitele perutě vyslán na znovudobytou Suwon Air Base. Používání tohoto letiště umožňovalo rychlejší poskytování letecké podpory pozemním jednotkám OSN a piloti se mezi Suwonem a Pusanem střídali po třech dnech. Ze Suwonu se létalo do 7. dubna.

Dne 7. května 1951 byla 39. FIS odvelena od 35. FIG a přidělena k 18. stíhacímu-bombardovacímu křídlu. Dne 10. května následoval přesun do Chinhae a krátce nato se připojila ke zbytku 18. FBW v Soulu, který křídlo tehdy používalo jako předsunutou základnu. S výjimkou deseti dnů v srpnu létala většinu misí ze Soulu až do 1. října, kdy se přesunula do Hoengsongu.

Bojové mise stíhacích bombardérů F-51 pokračovaly u 39. FIS do 19. dubna 1952, kdy byly její letouny rozděleny mezi ostatní perutě 18. FBW. Piloti byli poté přeřazeni do různých škol F-86 v Japonsku a poddůstojnický a mužstvený personál buď zůstal u 18. FBW, nebo byl rozdělen k perutím F-86 k praktickému výcviku.

Dne 1. června 1952 se 39. FIS vrátila do boje jako peruť F-86 přidělená k 51. stíhacímu přepadovému křídlu. Ze Suwonu létala bojové mise až do konce války 27. července 1953.

Mezi piloty 39. FIS během korejské války patřil kapitán Joseph McConnell Jr., který k peruti nastoupil v září 1952. Od 14. ledna do 18. května 1953 sestřelil 16 MiGů-15 a stal se nejúspěšnějším americkým stíhacím esem korejské války.

Za činnost během korejské války obdržela 39. FIS dvě Distinguished Unit Citations, za období 7. května až 8. července 1951 a 1. června 1952 až 30. dubna 1953. Dvakrát získala také Presidential Unit Citation Korejské republiky, poprvé za období 7. září 1950 až 7. února 1951 a podruhé za období 1. července 1951 až 31. března 1953.

Po skončení korejské války zůstala 39. FIS na Suwonu do konce července 1954. Poté byla na rok dočasně přidělena k 41. letecké divizi na Misawa Air Base v Japonsku a následně se přesunula na Komaki Air Base, rovněž v Japonsku. Dne 8. prosince 1957 byla deaktivována.
